底平定朔漠，摧毁蒙古人复兴的最后一丝希望，对刘芳亮寄望极深。

    就算是表弟会宁王李淳和被包围在大宁，生死不知的时候，李来亨还是将一切资源向西军倾斜，为刘芳亮四万人的远征军，配置了多达十余万匹的骡马。

    刘芳亮进军极快，大顺军一路势如破竹，全力前进，进入天山南麓后终于遭遇到了准噶尔人留守的主力军。

    为了争取时间，刘芳亮直接下令“无论何队精兵”，只要马匹还有力气，都要迅速奔赴古轮台一带参与会战。

    为了争取一战全歼准噶尔留守主力，取得速定西北的效果，刘芳亮要求各部放弃一切当前作战任务和目标，唯以向轮台战场附近汇合为唯一任务。

    命令下达以后，各部顺军纷纷放下当面作战任务，甚至放弃了沿途攻占的一些绿洲小城镇，集结一切可以集结的兵力赶往会战主战场。

    为了抓紧时间，果毅将军吕泽只率领二百多名士兵便星夜跨越天山，从北麓赶到南麓，奔赴轮台参战。

    结果沿途遇到了三千多名敌军，寡不敌众战死。

    李来亨认为这种不肯于中途退避自全，惟知直前冲击，以致效命捐躯的忠勇之气，深可嘉悯，追封吕泽为伯爵，由其子承袭，三代不降爵。

    制将军张国武带领五千骑兵首先赶到战场，与准噶尔人交锋作战，连续奋战四天以后，虽然牵制住了准军的转移，但由于马匹长途跋涉疲惫至极，不能击败敌军。

    当天夜里正好遇上康大眼带领一大批战马到达，张国武遂立即命全军换马，重新投入战斗。

    大顺军分为两翼左右包抄进攻，与准噶尔人激斗一整夜，两军皆死伤惨重，尸骨遍满山谷，各自阵亡锐士千余人。

    准军遭此败绩，又发觉刘芳亮、李懋亨的大军主力正在全速赶来，并决定退往伊犁坚守。

    刘芳亮得知准噶尔主力已经向西逃跑，他认为追击是目前最为要紧之事，以顺军马力尚有余，而准军则携带大批妇孺老弱，行走肯定不能便利，人多易容易发生溃散，因此决定绝不休息，继续追击。

    刘芳亮亲自督军追到伊犁，大顺军在不分黑天白夜的疯狂追击下，军中已经疫病横行，病死、冻伤、掉队者多达七八千人，跟随刘芳亮抵达伊犁者，只剩下了一万一千名将士、骡马八千多匹。

    准军在伊犁和喀什等地尚有可战部众一万四千余人，刘芳亮因此决定采取恩威并施的手段，他释放了准噶尔军中的一批回回，使其回到喀什一带以后，宣讲顺军仅诛卫拉特蒙古人，而不与回回为难的政策。

    这种做法激起了喀什守军的动摇，最终在左右摇摆下，喀什守军杀掉了城中的准噶尔驻军，关闭城门，拒绝蒙古人入内。

    大顺军趁机向伊犁河谷一带，发起了最后的猛烈攻势。

    这一战的激烈程度已到空前地步，准噶尔人极为耐战，顺军又因为长途跋涉体力耗尽，也没有携带重型火炮，全靠战士的一腔血勇和燧发枪的火力支撑。

    一部分回军也帮助大顺军作战，分担了刘芳亮的一部分压力。