，朱棣已经不停地向南进军了，但是朝中大部分人根本不是燕王的对手，都是墙头草，处于观望的状态，根本不敢主动上书说我可以打败朱棣如何如何，这就逼得朱允炆招民兵，虽说号称有四十万但是应该没有这么多。朱允炆的计策是很聪明的，因为从北平到南京最快捷的方法就是取道山东的德州、济南和江苏的淮安一线，所以朱允炆在德州安排了盛庸，在济南安排了铁铉，在淮安又安排了梅殷，现在只有梅殷还没有和朱棣交手了，机会来了，梅殷带着四十万大军和朱棣要开始决战了。

    其实在灵壁之战之后，朱棣就想过从淮安去南京，所以派遣使者送信给梅殷，说是想着去给朱元璋上香，但是被梅殷回绝了，理由是朱元璋自己说过，谁要是来南京上香就是不孝。梅殷用高皇帝的遗诏揭穿了朱棣的谎言，朱棣接到信之后很是生气，随即说了实话。“今兴兵除君侧恶，天命有归，非人所能阻。”意思就是我今天清君侧，是天命，不是认为可以阻止的。梅殷看到了之后把使者的鼻子耳朵都割了，并且对信使说，我留了你一条命，为的是殿下的君臣大义。朱棣听闻了很是生气，却又无可奈何。

    回到故事的主线来，该从哪条路去南京都不合适，凤阳和淮安的军事态势根本不能如朱棣所想，只能选择另外一条道路了，从泗州出发，渡过淮河直趋扬州；同时派手下的吴玉给扬州卫指挥王礼送去招降手谕。扬州的王礼、王宗本不是什么好东西，他们听说燕军要来扬州，就谋害了坚决主战的御史王彬和指挥崇刚，打开扬州城门，迎接燕军入城。

    建文四年六月初一，燕军进攻南京北大门——浦子口，浦子口就是今天的浦口区，这个地方和下关隔江相对，只要攻入了浦口，南京的大门就打开了，此时的建文帝身边都是嘴上说说的文臣，根本没有武将可以镇守，无奈之下，他又重新启用了从淮河逃回来的盛庸。这一次，朱棣没有使用任何计谋，直接进攻，虽说盛庸久经沙场，英勇无比，但是也无法抵挡燕军疯子一样的打法，最终南京城完全的暴露在燕军的眼下。

    浦口之战失败后，建文帝决定让掌管长江水师的都督佥事陈瑄赶紧去援助盛庸，建文帝认为长江天堑与燕军对抗，燕军不会赢得太轻松，可是没想到的是陈瑄并未执行建文帝命令，而是跑到了燕军那里，投降了朱棣。这个时候，朱允炆已经孤立无援了，建文四年六月十三日，朱棣发起了总攻，镇守金川门的谷王朱橞和李景隆利用职务之便，打开城门，放燕军进了南京。。

    自此南京已经可以说是不在朱允炆的手中了。

    京师遂破，燕军进了南京城，朱允炆的部下奋力抵抗，在一场场混战中，南京城突然起火了，在火势扑灭之后发现了几具烧焦了的残骸，无法辨认，同时也找不到朱允炆的踪影，朱棣在这几具尸体前看了很久很久，不曾说一句话，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体，即使朱棣不相信却也没有办法，而现在的问题不是这几具无法辨认的残骸里有没有朱允炆了，而是最重要的皇位问题该如何处理。